金融控股公司破产会导致系统性的风险，因此其中投资者和金融消费者的保护问题非常重要。金融控股公司是混业经营的模式，金融消费者在金融控股公司中接受的金融服务以及金融商品也是分属于不同领域的，因此金融控股公司的破产会影响到不同业务领域的金融消费者的利益。为了应对金融控股公司出现的破产问题，对金融消费者进行有效的保护，笔者建议将不同类型的业务导致的金融消费者损失的赔偿进行统合的管理，以防止出现空白以及重复赔偿的问题。中国应当借鉴资本市场发达国家和地区的成功经验，逐步建立起金融机构破产保护基金。当金融机构出现破产、关闭或撤销等情况时，投资者因此所遭受的损失可通过基金获得一定程度的补偿。按照现有的监管框架，金融机构的破产一般应该准备建立三大保护基金予以保护，即存款保险基金、证券投资者保护基金与投保者保护基金，并且在一定程度上进行统合。
2005年中国证券投资者保护基金公司成立，相应的《证券投资者保护基金管理办法》明确规定：“证券投资者保护基金是指按照本办法筹集形成的、在防范和处置证券公司风险中用于保护证券投资者利益的资金。”另外，金融破产法律制度的实施，还需要相关制度的完善，其中最重要的是加快建立存款保险制度。美、日等金融制度比较先进的国家，都设有存款保险制度。在这一制度中，当银行等经营存款业务的金融机构破产时，由存款保险机构来负责对储户的清算和赔偿。以美国为例，美国是由联邦存款保险公司负责赔偿的。凡是商业银行、互相储蓄银行及储贷协会几乎都参与了联邦存款保险。在日本存款机构则是强制性地必须参加存款保险。所以基于存款保险法而设立的存款保险机构负责对破产银行及金融控股公司的救济和清算。此外，与以上两种类型基金的对应，投保者保护基金在一定程度上也需要建立。
