债权人向管理人主张行使抵销权时，管理人应注意审查以下事项：抵销权应由债权人主动向管理人主张行使；抵销权人的债权应当真实、有效，并经过申报确认；债权人的债权数额和该债权人对破产企业所负债务的数额；抵销权应在破产清算分配之前，以免延误破产程序；是否有《企业破产法》规定的不得抵销的情形；附生效条件的债权人因其债权尚未生效，不得抵销等。
同时还应当注意：
1.在尚未审结的案件中，债权人已经按照原有的企业破产法律规范向清算组请求行使抵销权，经清算组依据旧企业破产法律规范确认，并已经抵销完毕的，在企业破产法实施后，对于已经抵销完毕的债权不再依据企业破产法执行。
2.尚未审结的案件中的债权人在企业破产法实施后向管理人提出行使抵销权申请的，或者债权人行使抵销权的申请时间在企业破产法实施前，但清算组尚未就是否可以抵销作出决定的，企业破产法实施后，应当按照企业破产法规定的抵销条件进行审查，确认是否可以抵销。
3.关于企业的出资，在债务人营业出于停顿状态而无法维持正常运转的情况下提供借款，由此对债务人所享有的债权是否可以和其所欠缴的出资相抵销？
最高人民法院《关于破产债权能否与未到位的注册资金抵销问题的复函》表示，尚未到位的资金应由出资人补足，债务人被申请破产后，出资人作为债务人的债权人同债务人的其他债权人享有平等的权利，为保护其他债权人的合法权益，出资人对债务人享有的破产债权不能与该公司对债务人为出足的注册资金相抵销。
至于其在企业处于停顿状态时，向企业提供的借款能否与其未缴足的注册资金相抵销，应当按照抵销权的性质和这个批复的规定，不应当抵销。因为出资人在此情况下所负款项的目的是为了使企业摆脱困境，一般不应予以抵销，但是，企业为了解决职工的工资、保险等而必须发生的，提供的资金，考虑到在性质上的差别，应当予以抵销。关于在实践当中，管理人应当怎样操作，建议相关的司法解释予以明确。
