由于抵销的作用使享有抵销权的债权人实际达到了担保其债权实现的目的，违背了平等保护债权人的原则，因此，有些国家不承认破产程序中的抵销权，如法国和拉美等国。为了维护债权人的整体利益，我国《破产法》第40条在承认抵销权的同时，对抵销权的行使作了限制，有下列情形之一的，不得抵销：
一、债务人的债务人在破产申请受理后取得他人对债务人的债权
新法第17条规定：“人民法院受理破产申请后，债务人的债务人或者财产持有人应当向管理人清偿债务或者交付财产。债务人的债务人或者财产持有人故意违反前款规定向债务人清偿债务或者交付财产，使债权人受到损失的，不免除其清偿债务或者交付财产的义务。”由此可见，债务人的债务人在破产程序中应当向管理人完全履行其所负债务，履行产生的利益归入债务人财产。如果债务人的债务人在破产申请受理后取得他人对债务人的债权，并以此与其债务抵销，则会消灭或者部分消灭其所负债务，减少债务人财产的价值，并且会诱发债务人的债务人在申请受理后低价收买他人对债务人的债权的道德风险。因此，第40条第1款对此进行限制，不管是基于什么原因取得，均不得抵销。
二、债权人恶意对债务人负担债务
第40条第2款规定：“债权人已知债务人有不能清偿到期债务或者破产申请的事实，对债务人负担债务的；但是，债权人因为法律规定或者有破产申请1年前所发生的原因而负担债务的除外。”
债权人已知债务人出现破产原因的情况下，仍然对债务人负担债务，法律上可以推定其是为了在债务人进入破产程序后行使抵销权作准备，推定其主观上存在恶意，并予以禁止。但是，债权人的恶意是法律上的推定，可能并不完全正确，一概禁止会损害债权人的利益，因此，本款但书部分规定了例外情况：即债权人因为法律规定或者有破产申请1年前所发生的原因而负担债务的除外。当出现但书部分规定的情形，即使债权人明知，法律也不认为该债权人有恶意，而且允许其以债权和所负担的债务进行抵销。“破产申请前1年”的限定与前述的撤销权行使的临界期间一致。
三、债务人的债务人恶意取得对债务人的债权
第40条第3款规定：“债务人的债务人已知债务人有不能清偿到期债务或者破产申请的事实，对债务人取得债权的；但是，债务人的债务人因为法律规定或者有破产申请1年前所发生的原因而取得债权的除外。”
债权人在破产程序中只能获得一部分清偿，对债务人债权的取得实际上就是对损失的承担，一般没有人愿意取得破产债权。债务人的债务人在已知债务人有不能清偿到期债务或者破产申请的事实，仍然对债务人取得债权，法律上有理由推定其有行使抵销权的恶意。本条款就是对这种恶意抵销行为的禁止规定，但是也允许有例外情形，即债务人的债务人因为法律规定或者有破产申请1年前所发生的原因而取得债权的，仍然可以行使抵销权。
我们认为，虽然将抵销权延续到破产程序中来有一定合理性，但是，在破产程序开始之时如果允许抵销的随意进行，对其他债权人不公平，仅仅对抵销进行上述限制还不够。因此，可以考虑担保债权行使的处理方式，在一般冻结的前提下，允许在例外情况下行使抵销权。
