行政指导具有非强制性、非权力性等特点，因此人们对行政指导的法治要求往往较低，这也就使得往往无法律依据的行政指导不断扩张和渗透，甚至威胁法治的基本要求，再加上行政指导虽然是非强制性，并不具有法律效力，但由于现实中的行政指导往往具有事实上的强制性，使得某些行政指导徒具其形而不具其实。因此，行政指导的实施同样需要遵循一定的运作规则，并需要受到监督和制约。
《日本行政程序法》规定行政指导的一般原则有三项：“一是从事行政指导的人，不得超越该行政机关的任务以及所管辖事务的范围；二是服从或者不服从行政指导，是任意的；三是不得因为不服从行政指导而进行不利的对待”。莫于川认为，对行政指导的控制要设定一定的程序规范，如行政指导的实施一般要经过以下程序：调查情况确定行政指导的必要性、向专业部门或专家咨询、与相对人沟通、确定行政指导的时机、对行政指导作出说明、披露行政指导信息、听取相对人或利害关系人的意见、组织听证，等等。杨建顺认为，对行政指导要进行一定的法律控制，对其造成伤害的要进行一定的救济。
有关企业破产的行政指导的实施同样需要受到一定的规制，需要行政指导遵守一定的程序规范，遵循法的约束，遵循有关政府职责履行的基本原则，以及对行政指导的实施造成损害要采取充分的救济措施。
总之，有关企业破产的政府职责履行的主要方式限于授益行政行为、行政裁量和行政指导，特别是前两种行为的实施主要是针对破产企业作为行政相对人而言的。对于其他的行政相对人来说，政府在企业正常经营下的各种行政行为方式仍然要继续实施，如对破产企业的股东、董事、高管等的违法、违规行为，政府该作出不利行政行为的仍然还要作出。
