破产抵销权的行使，不仅关系到破产抵销权人的利益，而且关系到破产财产及全体债权人的利益。因此，在破产抵销权的行使过程中，应当遵循一定的规则。
1．债权人行使抵销权，应当向管理人主张。
人民法院受理破产申请后，债权人和债务人享有的债权和承担的债务，均转移于管理人承担和享有，债权人不能向管理人以外的任何人主张债权和履行债务。既然破产抵销权是债权人行使权利的一种方法，也是债务消灭的一种原因，那么抵销权的行使也只能通过管理人。债权人向管理人为抵销其对债务人所负债务的意思表示，是否发生抵销的法律后果，取决于管理人的决定。
2．破产抵销权应在破产程序终结前行使。
债权人行使抵销权，可以在破产申请受理之后至破产程序终结前的任何期间。在破产案件受理之前或者破产案件终结之后，债权人和债务人所进行的债的抵销属于民法上的抵消，而非破产法上的抵销权行使。
3．破产抵销权的行使，应当以破产债权的申报为前提。
债权申报是债权人参加破产程序的必要条件，债权申报的目的就是对所有向债务人财产提出的请求予以审查和确认。通过这种集体审查程序，可以保证请求权的真实性和准确性，从而防止利用虚假债权侵蚀破产财产从而损害全体债权人利益的情况发生。债权人只有在申报债权之后才能取得受破产法保护的地位，才有权对破产财产提出种种权利要求。如果未依法申报，就不能向管理人主张抵销。
4． 破产抵销权以等额抵销为原则。
被主张抵销的双方债权债务的数额，通常并不相等，因而在抵销后经常会有差额发生。对于此差额部分，应当做出如下处理：破产债权大于债务的，抵销后破产债权超过被抵销债务的部分，仍属于破产债权；破产债权小于破产债务的，抵销后，债务超过部分属于破产财产，管理人有权请求债权人就这一部分债务予以清偿，后者应当履行相应的给付义务。
