一、关于总体结构
2006年的破产法将破产清算、和解与重整三个不同的程序在一部法律之中统一做出规定，又将其中的共同部分综合集中在一起，这样做，从立法技术的角度看虽然节省了法律条文的数量，使法条的结构更加密切，但是却增加了法律适用的难度，一些条文的针对性不强，三种程序各自的特殊性不能很好地展现和区分，在理解和适用上会出现困难。尤其是在债权人人数众多，处所分散的情况下，对于其权利的保护并非有利。
二、关于破产法的适用范围
新的破产法虽然称为企业破产法，但是该法只是规定了企业法人的破产程序，对于非法人的企业如合伙、不具备法人资格的个人独资企业的破产并未加以规定，实际的适用范围大大限缩了。正如有的学者指出的那样，新的破产法的局限性在于没有对自然人的破产做出规定，对于金融机构的破产问题只是授权国务院另行做出规定，法律没有做出明确的规定。这样在对债权债务关系进行清理时，对非法人企业和自然人的债权人就失去了一条有效的救济途径，从而会造成债权人之间利益的失衡。
三、对于管理人的有关事项规定不够细致和具体
破产法的一个基本功能和宗旨是实现债权人的公平清偿，维护市场交易的信用和秩序。然而20年来《破产法》的实践却远远地偏离了这一轨道。所以，在中国的新破产法中，保护债权应是贯彻始终的基本思路，一切的制度设计须围绕着破产债权的保护，尤其是普通破产债权的保护。当然，一部良法不可能忽视社会公共利益，新破产法同样不可能不保护社会一般人利益和债务人利益，只不过是将债权利益置于首要位置。在管理人的选任问题上，究竟是由人民法院来选任管理人以体现公正和效率，还是由债权人会议来选任管理人以体现债权人的意思自治，哪种效果最好，还需要实践的检验。对于管理人的职业化建设，应当从以下几个方面进行完善：（1）建立统一的破产管理人职业资格确认制度，既可以防止滥竽充数的现象发生，方便国家进行严格的管理，又考虑到破产程序对专业能力的高要求。（2）引入市场竞争机制选任管理人，这样可以使破产费用降低到最小，保护债权人的合法权益。（3）建立管理人报酬制度。（4）完善管理人的法律责任制度。应对管理人的民事损害赔偿责任予以细化。同时可以规定适当的行政责任。
四、关于破产债权的清偿顺序不尽合理
担保债权与职工债权的清偿顺位问题一直是新的破产法起草过程中争论最为激烈的问题之一，它涉及对于破产企业职工的安置这一事关社会稳定大局的问题与维护金融安全之间的关系。考虑到过去计划经济体制下国有企业职工的低工资高福利的政策以及社会保障体系尚处于初建之中，完全由社会来承担职工的安置费用存在诸多的困难，而职工安置工作进展得如何事关整个社会全局的稳定。另外，对于有物的担保的债权在破产程序中予以优先保护又是法律的应有之义，也是世界各国通行的做法，事关金融的安全和经济发展的大局。当该两种权利的实现发生冲突时应当如何处理，新的破产法采取了新老划断的办法，即新的破产法第一百三十二条规定：“本法施行后，破产人在本法公布之日前所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金，依照本法第一百一十三条的规定清偿后不足以清偿的部分，以本法第一百零九条规定的特定财产优先于对该特定财产享有担保权的权利人受偿。”这样的规定，虽然在一定程度上解决了对于破产企业职工的安置费用的来源问题，但是却带来了一系列其他方面的问题，这样实施的结果与国务院实施的政策性破产的结果无异，存在的问题也是显而易见的。这样的规定，不但使新的破产法具有了素及既往的效力，而且也与1986年的破产法的规定不相一致，将原来仅仅适用于国有企业破产的政策扩大适用于所有的企业法人，从而会对金融债权以及其他担保债权的实现产生巨大的冲击。
对于有物的担保的债权与职工债权的清偿顺位，无论是采取担保物权优先于职工债权，还是职工债权优先于担保物权，绝对化的顺位排定都会造成双方之间利益的失衡，因此，在作出某种选择时，兼顾二者之间的利益，保持二者之间的利益平衡，则是解决这一争议的根本途径。在这一问题上，新的破产法对于其实施之后的企业破产案件，采取了担保债权优先于职工债权的制度设计，只是恢复到了1986年破产法规定的状况，虽然纠正了过去政策性破产中职工债权优先于担保债权的偏颇，但是绝对化的担保债权优先于职工债权。则往往会产生矫枉过正的效果。
五、未明确规定破产债权异议的诉讼程序
《破产法》第58条第3款规定：“债务人、债权人对债权表记载的债权有异议的，可以向受理破产申请的人民法院提起诉讼。”该诉讼制度的建立，虽然使有争议的破产债权可以通过诉讼来确定，但是关于该诉讼的具体构造破产法未作出明确的规定，是按照普通的民事诉讼程序来进行，还是有其特殊之处，尚未有明确的法律依据，这将会产生不必要的纷争，给破产实践带来一定的困难，影响到债权人权利的行使。
六、没有规定劣后债权制度
关于债权的清偿顺位，新的《破产法》与1986年的《破产法》没有大的区别。但是在实践中，一些债权由于产生的原因不同，其在本质上会存在不同。如企业之间由于关联交易而产生的次级债务的清偿，企业的投资人对于企业所形成的某些债权等，由于这些债权的特殊性，其清偿应当劣后于普通债权。但是新的破产法对此未加特别规定，将这些劣后债权与普通债权一样对待，形式上的公平清偿往往会导致实质上的不公平，损害到真正的普通债权人的利益，而利益相关者却从中牟取不当利益。
七、跨境破产问题规定过于原则，适用困难
对于跨境破产中的诸多问题，新《破产法》只有第5条一个条文的原则规定，难以适应司法实务中遇到的诸多疑难复杂问题的需要。如首先遇到的问题即是对于跨境破产案件，应该实行集中管辖还是分散管辖。因为在跨境破产诉讼中，地方保护主义不但影响了法制统一原则的实施，损害了国家的形象，而且涉及中国是否遵守国际条约的义务，是否履行国际承诺的重大问题。实行集中管辖，有助于克服司法领域的地方保护主义，有助于理顺审判制度的内在机制，并有利于减少错案率，提高审判质量。在广东国际信托投资公司破产案中已经进行了这方面的尝试，取得了较为理想的效果。一些地方法院也对此作出了相应的规定。另外，在法律的适用上，跨境破产中遇到的问题也远比境内破产案件遇到的问题复杂，对其中的纠纷应当如何适用法律，新的破产法并未做出明确的规定。
